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平凡な高校生の深町晶は ふとしたことから奇妙なカプセ ルを拾ってしまう。中から飛び 出してきた怪異な物体に包まれ て川へと落下する晶 。その傍ら、彼のガ ールフレンドで ある瀬川瑞紀に 怪物や謎の男た ちが迫った。だが川から 現われた別の怪人が 怪物＝超獣化兵（ゾアノイド）を 撃退。男たちの正体は秘密結社 クロノスの一員で、カプセルは 結社が作り出した人間を強化 させる「ユニットガイ バー」だった。ユニッ トガイバーで怪人＝ガイバーI へ殖装（変身）する能力を得た晶 。彼とクロノスの 戦いが始まる……。！