明朝万历年间，贵妃童娘娘为了把自己的儿子推上太子之位与东厂公公曹花若合谋，大肆诛杀秉真直谏的御史，一时间在京城内外掀起腥风血雨，不少知道真相的御史清官遭遇杀身之祸。给贵妃同娘娘和东厂公公曹花若充当杀手的，正是曹花若三个义子之一的马行空。 马行空的父亲曾是朝廷高官。父亲马长云在一场官场风波中无端丧身之后，年幼的马行空被东厂公公曹花若收养，跟随曹花若习武读书，练就一身非凡功夫，成为曹花若的杀人工具。马行空拿着义父与贵妃同娘娘共同拟就的一份诛杀名单，屡屡出手屡屡得手。一个个清官御史的人头落地，马行空开始为自己的魔鬼行径后怕反思。琴师灵儿是马行空陷入孤独困苦时结识的一个纯真哑女。和灵儿在一起时的本真感觉，使得马行空萌生退隐之意。马行空刚刚萌生退隐之意，义父曹花若就以马行空拒绝执行杀人任务，而派义子仇虎和冷战对马行空实施暗害。仇虎和冷战的伎俩落空，马行空从此与曹花若彻底决裂。为保护灵儿的安全，马行空带着灵儿逃离京城，来到京城外的一家客栈，将灵儿托付给江湖朋友柳冰玉，同时藏匿起将贵妃童娘娘和曹花若拟就的杀人名单。马行空背叛师门，曹花若决定清理门户，命义子仇虎和冷战一路追杀。仇虎和冷战追至客栈，柳冰玉八面玲珑，成功保护了灵儿，将仇虎和冷战引向马行空栖身的荒野小屋。马行空在客栈外的荒野小屋为仇虎和冷战准备好了葬身之地。仇虎和冷战自知不是师兄马行空的对手，冷战发出毒镖，马行空躲闪不及身中毒镖。马行空处境危险时，黑夜中突然杀出一个蒙面大侠，挡住仇虎和冷战，使得马行空带伤逃生。马行空于悬崖处坠崖而“死”，仇虎和冷战回京城向义父曹花若复命。马行空命不该绝，顺悬崖下的溪流漂流而下，得少林寺慧善大师妙手回生。马行空大难不死，给少林寺带来腾腾杀机。东厂公公曹花若亲自出马，挟持客栈里的灵儿，向少林寺奔杀而来。少林寺外，马行空与曹花若不共戴天，刑部总捕头张无忌带圣旨助阵。曹花若死于马行空的长剑之下，马行空了却家仇国恨，从此投身佛门修行向善。！