电影新战国时代，忍者们展开 着与妖怪们激烈的战斗。以 战斗末了，猿飞佐助为 首的5人的忍者们，在自无敌将军 们三神将被给予的「 封印的门」中关锁妖怪 总司令和妖怪们的能源 的，事上成功了。丢失 能源并在人类社会 融洽了的妖怪カッパは ，欺骗猿飞佐助 的子孙佐助和雾隐 的子孙才藏，使之开了东京湾有 了的封印的门。注视了祖先世世 代代封印的门的血统的少女鹤姫 决定与去除了封印的佐助与才藏 ，三好入道清海的子孙清 海，并且从美国来的见雷也的子 孙见雷也的4人 一起，同500年前的 祖先同样进行妖怪封 印。一边经营绉纱衬衣铺， 一边持续妖怪封印的旅 行。！